Smallville

22. VÓRTICE (2/2): Clark rescata a Lana del centro de la tormenta y se da cuenta de que la misma tormenta ha enterrado a su padre junto al reportero sin escrúpulos que ha descubierto su secreto. Mientras tanto, Lex se ve abrumado por los cargos sobre su padre.

23. CALOR: Clark debe esconderse porque ha descubierto un nuevo poder que está fuera de control y con el que ha herido accidentalmente a Lana. Por otro lado, una nueva profesora utiliza fermonas mejoradas con kryptonita para convencer a Lex para que se case con ella y hechizar a Jonathan. Clark debe buscar una manera de controlar su nuevo poder a tiempo para evitar que Jonathan asesine a Lex.
- Artista invitado Kirsta Allen: (Los vigilantes de la playa)

24. DUPLICIDAD: Pete descubre una nave espacial en el maizal. Clark se enfrenta a sus padres y revela su secreto pero es sorprendido por la reacción de su mejor amigo, algo que le hace cuestionar la lealtad de éste.
- Artista invitado: Joe Morton (Terminator 2)

25. EL METEORITO ROJO: La escuela usa, sin saberlo, Kryptonita roja y su efecto en Clark sorprende a sus amigos y familiares porque se convierte en un adolescente rebelde y peligroso que decide utilizar sus poderes para hacer el mal. Jonathan y Martha intentan descubrir por qué Clark se comporta de esa manera. Mientras, Lana se siente atraída hacia el nuevo Clark, quien, además, declara su amor por ella.
- Artista invitado: Sarah Downing (Rosswell)

26. NOCTURNO: Clark se preocupa cuando descubre que alguien ha estado dejando cartas de amor para Lana en la tumba de sus padres y le advierte que se aleje del misterioso poeta. Harta de sentirse sobreprotegida por Clark, Lana sigue al apuesto extraño hasta su casa y descubre que sus padres lo tienen encadenado. Una sorprendente circunstancia que hace que Clark y Lana irrumpan en la casa para intentar salvar al muchacho. Pronto se darán cuenta de los motivos por los que el joven estaba encadenado.
- Artista invitado Richard Moll: (Juzgado de guardia, House)

27. RENACER: La granja está pasando apuros financieros. Martha recurre a su padre, del que se había distanciado, para pedirle ayuda. Clark está emocionado con la idea de conocer a su abuelo, pero Jonathan no quiere ir. Esta negativa obliga a Clark a forzar una reunión que no resulta ser como lo planeado. Mientras, Lana descubre una vieja fotografía que sugiere que su padre podría estar vivo.
- Artista invitado Richard Gant (Special Unit 2)

28. GENEALOGÍA: Una misteriosa mujer aparece en Smallville diciendo que es la madre biológica de Clark. Esto obliga a los Kent a contarle la verdad a Clark. Clark descubre por qué su padre odia a los Luthor, cómo fue arreglada su adopción y quién rescató, realmente, a Lex del borde de la muerte.
- Artista invitado Patrick Cassidy (Dirty Dancing)

29. RYAN: Clark usa sus poderes para salvar a su joven y telepático amigo Ryan de las manos de un malvado doctor que quiere controlar las habilidades del muchacho. Mientras, Nell le dice a Lana que van a mudarse a Metrópolis.
- Artista invitado Martin Cummins (Poltergeist: El Legado, Dark Angel)

30. DICOTOMÍA: Clark intenta advertir a Lana y a Chloe sobre Ian, un magnífico estudiante que está saliendo con las dos chicas a la vez. Ellas acusan a Clark de celos y, más tarde, demasiado tarde, se dan cuenta de que Clark tenía razón. Mientras tanto, Lex está muy enfadado con su padre y pierde los estribos cuando destroza el coche de un vigilante de seguridad del parking. Lex decide ir a una clase de control de temperamento donde conoce a una mujer muy interesante.
- Artistas invitados Jonathan Taylor Thomas (Un chapuzas en casa), Robert Wisden (La clave Da Vinci, John Doe)

31. LOS MUTANTES: Clark y Pete van a hacer motocross. Clark se cae en una cueva y descubre dos tesoros: escrituras indígenas antiguas que esconden la clave de su identidad y una hermosa muchacha que cree que es su alma gemela. Desesperado por conservar las escrituras, Clark provoca un enfrentamiento entre padre e hijo cuando pide ayuda a Lex para evitar que la constructora de Lionel demuela las cuevas.
- Artista invitado Patrick Cassidy (Dirty Dancing)

32. APARICIONES: Whitney regresa a casa buscando retomar su relación con Lana, pero su comportamiento, bastante sospechoso, hace que Clark se cuestione sus verdaderos motivos, revelando, finalmente, la verdad. Lex comienza a sospechar de su nueva novia cuando descubre una foto de ella con Lionel.

33. LA INSURRECCIÓN: Después de que Lex descubre que Lionel ha instalado cámaras ocultas en la mansión. Lex contrata a una matón para tener vigilancia en la oficiana de Metrópolis de Lionel. Sin embargo, la situación estaba fuera de control cuando Lionel y Martha sorprenden a los intrusos y los toman como rehenes. Desperado por buscar una manera de salvar a su madre sin exponer sus poderes, Clark debe acceder a la oficina por el edificio adyacente, si puede saltar en un solo salto.
- Artista invitado Patrick Cassidy (Dirty Dancing)

34. EL SOSPECHOSO: Después de que Lionel recibe un disparo y está herido, Jonathan es arrestado. Pero Clark y Pete realizan su propia investigación sobre el lugar del crimen y descubren que fueron por lo menos dos personas las que intentaron herir a Lionel. Mientras tanto, Lana se vuelve desconfiada cuando su padre, que es abogado, misteriosamente, rechaza la petición para defender a Jonathan.
- Artista invitado Patrick Cassidy (Dirty Dancing)

35. EUFORIA: Un parásito infecta a Pete y a Chloe y les hacer ser atrevidos y amantes de lo arriesgado. Pete utiliza las rocas del meteorito rojo para convencer a Clark de ir todos juntos en busca de una aventura peligrosa. Clark, no sólo hace alarde de sus poderes, sino que también, besa a Chloe en presencia de una Lana que no da crédito a lo que está viendo.

36. EL HIJO PRÓDIGO: Lex está buscando a Lucas, el hijo de Lionel que dio en adopción. Cuando lo encuentra, lo lleva a casa con la esperanza de que puedan reconciliarse y unirse de nuevo. Pero las intrigas de Lionel ponen en peligro a los tres, Lex los abandona y se pregunta de quiénes puede fiarse. Mientras, Clark decide aceptar un trabajo en el Talon.

37. FIEBRE: Marta está seriamente enferma por la polvareda de meteoritos y Clark y Jonathan intentan ayudarla desesperadamente. Pero Clark termina infectándose también y decide averiguar cómo puede ser su vulnerabilidad. Solo un milagro puede salvar a Clark y a su madre. Mientras, Lex se enfrenta a sus sentimientos hacia Helen mientras ella se plantea aceptar un puesto de trabajo muy atractivo en una investigación fuera de la ciudad. Chloe y Lana se enfrentan a la impensable posibilidad de perder a Clark para siempre.

38. LA PIEDRA ROSETTA: Clark sigue intentado averiguar sus orígenes. Para ello viaja hasta Nueva York para conocer al Doctor Swann, un científico brillante que tiene un mensaje para Clark sobre su planeta de nacimiento, Mientras, Lana decide dejar de vivir en la casa de Chloe después de que las dos chicas se metan en sus asuntos con Clark.

39. EL VISITANTE: Un compañero de colegio, Cyrus Krupp, afirma que es un alien y lo intenta probar con una corazonada. Clark investiga y empieza a creer que ese chico también es de su mismo planeta de origen, Krypton. Mientras, Helen descubre que hay alguien encerrado en la mansión de los Luthor. Lex duda sobre la veracidad de la investigaciones que está llevando a cabo Clark.

40. PRECIPICIO: Otro estudiante agrede a Lana, Clark pierde el control y termino hiriendo al agresor. Los Kent son demandados por daños punitivos y corren el riesgo de perder la granja. Es entonces cuando Clark se cuestiona sus poderes mientras intenta encontrar una forma de solucionar todo antes del juicio. Un antiguo novio de Helen regresa para intentar reconquistarla.

41. EL TESTIGO: Por casualidad, Clark es testigo de un robo en la empresa de los Luthor. Unos ladrones entran para llevarse la kryptonita y Clark se queda tan sorprendido que no puede detenerlos. Los cacos tienen tanta fuerza como Clark. Para evitar que Clark acuda a la policía, los ladrones atacan a Jonathan y a Marta, dejan al joven protagonista casi sin fuerzas y, desesperado por no poder salvar a sus padres.
- Artista invitado Patrick Cassidy (Dirty Dancing)

42. CLONACIÓN: Lana recibe la visita del fantasma de una amiga de su infancia, ella acude Clark para pedir ayuda y descubrir la verdad sobre la extraña visita. Clark descubre que la pequeña chica es, en la actualidad, una procesadora de clones de Kryptonita y que el debe darse prisa para salvar a Lana antes de que la hiera.
- Artista invitado Neil Flynn (Scrubs)

43. LA LLAMADA: Clark es padrino de la boda de Lex y Helen y le toca hacer el discurso de la cena de ensayo. Lana, por su parte, se muestra confundida por lo ocurrido entre Clark y ella la noche anterior, porque no quiere estropear su amistad. Además, el doctor Walden, el lingüista que entra en estado catatónico tras recibir la sobrecarga de información kryptoniana de la cueva, despierta obsesionado por matar a Clark para impedir que gobierne el mundo. Chloe recibe su primer encargo de Lionell, investigar a Clark a fondo, y se niega. Al final del capítulo Clark y Lana olvidan sus temores y siguen adelante con lo suyo, pero Chloe les ve. Y Clark escucha una misteriosa voz que lo llama desde su nave en el sótano: "Kal-El, es la hora..."

- Artista invitado Rob La Belle (El elegido) y Terence Stamp (Superman 2, Alien Nación)

44. EL ÉXODO: En este último capítulo, La nave es la memoria de Jor-El, el padre de Clark, y le advierte que al mediodía deberá obedecer todas sus órdenes y apartarse de todos los humanos que le importan. Clark no está dispuesto a aceptar su destino impuesto y urde un plan para destruir la nave, creyendo ese el único modo de evitarlo: Lionell ha conseguido crear una réplica en kryptonita de la llave de la nave, para introducirla en la cueva y averigüar el secreto, y Clark con ayuda de Pete la roba, y destruye la nave con ella. La onda expansiva de la nave hace que los Kent sufran un accidente cuando vuelven a casa en la camioneta para impedir que Clark haga alguna locura, y Martha pierde al niño. Jonathan no puede ni mirar a Clark a la cara, y Clark toma la dura decisión de marcharse lejos de todos, sintiéndose hundido y culpable. Se pone un anillo de kryptonita roja para poder actuar al contrario de cómo suele hacerlo, y abandona Smallville, a sus padres y a Lana. Por su parte, Chloe, herida de amor por Clark y Lana, sabiendo que están juntos, decide aceptar la oferta de Luthor. Y Lex, recién casado, que ha subido al avión para irse con Helen a su luna de miel, despierta sólo, sin nadie, con los controles destrozados y se estrella contra el océano, en lo que todo apunta a la traición de Helen con Lionell. El dramático capítulo y la temporada terminan con una imagen de Clark en la moto, en dirección a quién sabe qué lugar, y la voz en off de Jor-El (que es Terence Stamp, el general Zod en Superman II) diciendo: "Me obedecerás, Kal-El".